Genel bir hastane formunda planlanan şifahanenin iç mekânı, ruh ve sinir hastalarının tedavi edilmesinde kullanılmıştır. İçerde sağlı sollu hasta odaları, küçük eyvanlar ve ana giriş kapısının tam karşısında büyük eyvan bulunmaktadır. Baş mimar, büyük eyvanda yapmış olduğu yelpaze motifleri ve tonoz işlemeleriyle bir akustik yakalamayı başarmıştır. Kur’an-ı Kerim tilaveti, tasavvuf musikisi icrası, suyun ortada bulunan havuza akarken ve havuzdan tahliye olurken çıkarmış olduğu sesler, ruh ve sinir hastalarının tedavisinde kullanılan yöntemlerden bazılarıdır. Bu sesler, Darüşşifanın sağında ve solunda bulunan hasta odalarına, içeride yatan hastaların ihtiyacı kadar iletilerek, hastaların tedavisi sağlanmıştır. Büyük eyvanın tavanı helezonik kilit taşı sistemiyle yapılmış ve günümüzde de sırrı çözülememiş bir tonoz örneğidir. Baş mimar ismini şifahanede kimsenin kolaylıkla fark edemeyeceği bir noktaya; büyük eyvan tonozunu taşıyan doğu kemerinin başına çok basit bir şekilde nakşetmiş ve eserinin kıyameti görmesi için dua etmiştir.